Как выбрать версию PHP?

Вы можете выбрать либо версию php 4.4.X либо 5.2.X. По умолчанию на серверах включена  5 версия. Для выбора  4 версии требуется добавить в файл .htaccess следующее:

AddType application/x-httpd-php4  .php
AddHandler x-httpd-php4  .php

Как закрыть директорию паролем

Вы можете воспользоваться файлом .htaccess - его следует положить в защищаемую директорию с вот таким содержимым: # Access file
order allow,deny
allow from all
require valid-user
Authname DirectoryName
Authtype Basic
AuthUserFile /home/./.passwd
Этот файл лучше положить в директорию недоступную через WWW. Узнать полный путь доступа к этому файлу лучше через telnet, зайдите в директорию с файлом .passwd и наберите команду pwd, и Вы увидите полное имя директории.
Создать файл с паролями Вы можете на своем компьютере с помощью программы htpasswd (скачать можно здесь 40кб)

Наберите команду: htpasswd [-c] .passwd username
Параметр -c нужен только в том случае, если Вы создаете новый файл с паролями. Если Вы хотите добавить нового пользователя к уже существующему файлу, то указывать -с не нужно. username - имя добавляемого пользователя
После того, как Вы нажмете ENTER, Вам нужно ввести (два раза во избежание ошибки) пароль для нового пользователя. Это все!
Так же, файл с паролями можно формировать и из скрипта, например на Perl: open(F, ">>.passwd") || die "
Can`t append file .passwd";
print F "$username:". crypt($password, 'ms') ."n"; close(F);
system "chmod 766 .htpasswd";
в переменных $username и $password имя и пароль нового пользователя. Вместо 'ms' можно подставлять любые две буквы.

Как включить использование SSI не только в скриптах с расширением .shtml/.shtm?

Необходимо в папке web создать файл .htaccess следующего содержания (пример для файлов с расширением .html):

AddOutputFilter INCLUDES .html

При необходимости допишите нужные Вам расширения в строчку.
Примечание:
Использование SSI в php-скриптах запрещено. При установке вышеупомянутой опции для php-скриптов, они перестанут выполняться.

Переадресация

Весьма полезное применение переадресации - организация download обновленных версий вашего продукта.
Когда выкладывается новая версия продукта, обычно меняется какой-то кусок в имени файла. Это очень удобно, так как это позволяет избежать путаницы в версиях. Однако когда Вы выпускаете обновленную версию, то возникает проблема. Вам придется хранить и старые версии, так как ходить к Вам будут за Вашим продуктом и по старым ссылкам.

Избежать этого довольно просто использовав команду переадресации www-сервера Apache ( www.apache.org ).
Предположим что Ваша последняя версия MySoft12.exe, а предыдущие были MySoft10.exe и MySoft11.exe
Создайте файл .htaccess и напишите в нем следующие строки: 

Redirect /MySoft11.exe http://www.your.com/MySoft12.exe

Где:

- Redirect - собственно команда переадресации;
- /MySoft11.exe или /MySoft10.exe старые имена файлов;
Правило формирования этого параметра такое: к имени Вашего сервера http://www.your.com будет добавлено то, что Вы напишите.
Поэтому не забывайте про слэш в начале пути к файлу в этом параметре.
- http://www.your.com/MySoft12.exe - полный интернет-адрес файла (!), который будет загружаться вместо /MySoft11.exe или /MySoft10.exe;

Обратите внимание, что Вы можете написать здесь вообще любую ссылку в Интернет. (можно, также, использовать и RedirectMatch - это то же, что и просто Redirect, но позволяет использовать * и прочие выражения, например:

RedirectMatch (.*).gif$ http://www.anotherserver.com$1.jpg )
Как это будет работать.
Вот вырезка из лога запроса на подобную ссылку: (использована программа ReGet http://www.reget.com )

Настройка сообщений об ошибках

Когда пользователь запрашивает какую-то страницу, которой нет на Вашем сайте, например неверно набран URL, то появится стандартное сообщение об ошибке: "File not found".
Скорее всего, после этого пользователь закроет окно браузера и Вы его (клиента) потеряете. Можно ли вместо стандартного сообщения выдать какую-то свою страницу? Да. Для этого, опять же, надо прописать в файл .htaccess (и положить его в папку web) одну строчку:

ErrorDocument 404 http://www.mydomain.com/404.html

Все. Осталось создать страницу 404.html, где показать, например, карту Вашего сайта.

(!) Для кода/ошибки 401 "Unauthorized" нельзя использовать полный адрес URL в качестве параметра для директивы ErrorDocument

Как сделать чтобы по умолчанию открывался не index.html, а index.htm?

Нужно удалить файл index.html и положить index.htm :)
На самом деле поиск главного файла ведется в таком порядке:
index.html , index.htm , index.shtml , home.html , home.htm